三月，花海中的昆明城春日和熙、温暖宜人，可永历帝朱由榔和南明朝廷的百官却如坠冰窟。接到晋王大败孙可望的捷报后君臣还没欢庆上几天，前线的告急文书却接踵而至：满清三路大军近二十万人马同时发动攻势，从四川、湖南、广西三路入寇贵州，以泰山压顶之势对刚刚经历大战，喘息未定的西南明军发起了总攻。
四川方面，三月初三，吴三桂、李国翰部大军还未在重庆城下扎营，重庆守将总兵杜子香竟然弃城而逃，清军未损一兵一卒便占领了这座川东雄城，完全把夔东和西南两部明军的联系分割开来。当月二十五日，吴、李二部进至贵州桐梓县石台关。石台关山高路窄，上则摩于九天，下则坠于深渊，本是一夫当道、万夫莫开的险关要隘。然而守军却因为孙李内讧而军心不整，轻易便被吴三桂打破。三十日，清军攻打遵义，守将郭李爱稍作抵抗便率所部五千士卒投降，这座日后名扬天下的黔北重镇沦陷。占领遵义后，吴三桂派李国翰继续南下和中路清军会师，自己则待在遵义一面休整军队没，一面招降贵州的南明官员。失败绝望的气氛笼罩之下，水西宣慰司安坤、西阳宣尉司冉奇樵、兴宁伯王兴等人相继降清。
湖南一路，中路清军在宁南靖寇将军罗托的率领下，靠着孙可望书信和向导开路，几乎是不费吹灰之力便攻破原本坚固的南明军队防线。三月二十九日，清军撞开省会贵阳的城门，南明安顺巡抚冷孟饪西向昆明望阙哭拜后，穿着朝服提剑杀入清军阵中，死于乱刀之下。
广西战场，满清固山额真赵布泰部与线国安、全节等人会师后立即转向贵州。半月之内，黔南的独山、都匀等贵阳以东州县相继沦陷。土司罗大顺、总兵张先壁部试图在清军侧翼反攻，然而都因兵力单薄，缺乏友军策应而被一一击溃。
正当贵州局面崩盘时，晋王李定国却仍未完成孙李内战的善后工作。甚至在二月底三月初清军开始大举入寇时都没有做出部署安排，而是忙着请朝廷大封平定孙可望有功的部将。
白文选由巩国公晋封巩昌王、马进忠由鄂国公晋封汉阳王、冯双礼由兴国侯晋封庆阳王、马宝由安定伯晋封淮国公、马惟兴由兴山伯晋封叙国公、靳统武由平阳伯晋封平阳侯、祁三升由威宁伯晋封咸宁侯、高文贵由广昌伯晋封广昌侯，其余有功镇将也分别升赏。
孙可望部将狄三品、王会、张光翠等人虽然投降，但以附逆被罚降爵。而对于驻守迤西一带、曾经谋划进攻昆明的孙党部将王自奇、张明志、关有才三人，李定国并不招抚，而是亲自率军进攻。关有才被擒，张明志投降，王自奇则逃亡腾越后因走投无路而自杀。此举虽然让李定国稳住了昆明侧后，但也丧失了救援贵州，布防黔西的宝贵时间。
李定国返回昆明后，将关有才和蜀王刘文秀擒获的孙系大将张虎一起以谋反罪处以凌迟。孙系旧部将官们本来就因为夺官削爵对李定国和朝廷大为不满，此举更让孙系军官人人自危，私下里怨言不断。蜀王刘文秀看到这种情况，心中忧虑。便劝谏义兄不要继续打击孙系诸将，以大局为重，没想到此举竟让李定国对他也有了猜疑之心。
李定国和刘文秀作为张献忠的养子，在原大西军中威信很高。刘文秀虽然战功不及李定国，但更善于稳定局势、安抚人心。击败孙可望后，刘文秀便立即入黔招抚孙系各部，凭着西军四王子和大明亲王的身份使贵州局势一度稳定。然而李定国害怕刘文秀在贵州势力扩充，便请永历下旨把刘文秀调回昆明闲置。于是贵州明军各部，顿时失去统一指挥，再加上李定国对孙系部队将兵采取的歧视政策，贵州明军军心涣散。
刘文秀被召回昆明后，内心苦闷。不久后突然胸中绞痛，卧床不起。李定国闻讯，立即前往看望。面对义弟，得知清军已经大举入黔的晋王心里无比后悔，兄弟二人握住双手对视流泪。当日，李定国便率领手下主力东向入黔抗击清军。
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局势的直线恶化令永历帝变得徬徨无措。接到贵阳失陷的噩耗后，他更是一个人跑进供奉祖宗神位的奉先殿关起门大哭，宫人吓得都不敢入内，郡主朱淑仪也没敢进去，却听见皇帝在那说什么“祖宗社稷将亡于不孝孙由榔之手矣！”
皇帝的哭诉让长乐郡主浑身发抖，好像十年前广州的那一幕家破人亡的惨剧马上又要重现于今日。她觉得自己犹如置于苍茫大海中的一叶危舟，只要有一个浪头打来，立刻就会倾倒覆灭。
殿内，眼泪哭干的朱由榔紧闭着双唇，脸色铁青。一双布着血丝的眼睛一动不动地盯着朱漆房梁。他此时终于能够理解和体会到堂兄崇祯帝在十四年前那个晚上的心情，不由得生出一种莫名的恐惧。
看着祖宗神位前瑟瑟抖动的烛焰，朱由榔突然想道：自己难道会像这行将燃尽，摇摇欲灭的烛焰一样吗？他浑身开始不安地颤动起来，烛光把他来回晃动的身影投在粉刷不久的白墙上，好似原野上孤零零的枯草一般。
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几百里外的黑石渡。大营中的李定国也和皇帝一样焦虑不安，彻夜难眠。形势凶险，跋涉几百里驰援的明军只休息了一晚就列阵攻击吴三桂部。然而清军以逸待劳，坚阵不出。战至中午，明军饥疲交加，无力再战。看准机会的吴三桂立即命令清军全面冲锋，一举将李定国部击溃。