第一镇在玄武山大战时伤亡最为惨重，三旅只剩一旅兵，急需补充。周士相命从降军中选5000人调入第一镇，计从归德总兵刘忠部降兵选500人，南阳总兵张超部选400人，潮州绿营选600人，卢光祖部选1200人，汉军选200人，余下从潮州驻防营兵及青壮中选调，如此将第一镇补充完整。
鉴于来降蒙古兵达到了三千余人，若独编一部恐日后难制，周士相便在第一镇、第二、第三镇再建一骑兵营建制，将蒙古兵分拆调入各镇。此举虽让苏日勒不满，可在太平军的强势之下却也不得不行之。如此，第一、第二、第三镇计有步军三旅7475人外再有一营骑兵775人，实有兵员为8250人。
余下蒙古兵仍编入骑兵旅，各镇骑兵营非战役集结时由各镇单独指挥，若遇会战时，则由军帅府视会战规模调度各镇骑兵归骑兵旅建制统一指挥。
第一镇在人员补充到位后在普宁休整三日后立即经陆路回广州。周士相又成立第六镇，以满州人苏纳为镇将，卢光祖为副将。第六镇兵员由福建兵、潮州兵及潮州青壮组成，不编骑兵营，实有兵员7475人。
苏纳得知自己被委以镇将，很是欢喜，向周士相请了令，特意将碣石卫随鄂多投降的那百余满州兵都要到自己镇下。对此，周士相欣然同意，命苏纳自行安排那些满州兵，营校以下军官任命可自决。
第六镇的补充时间稍长，加上需要适应太平军的军制，旅校一级的军官也需从太平军老镇调入，故而在普宁休整了半个月便移至惠州海丰驻防。
原驻普宁的第五镇被调至潮州驻防，第五镇本是广州投降绿营兵改编而成，在潮州打粮时抓了不少清兵俘虏和寨兵，兵员方面不需补充，只是战斗力却是不高，且军纪也是不堪。为了解决这个问题，周士相命第五镇和第二镇各调换一个旅，将第五镇的黄四成旅和第二镇的于世忠旅调换，如此既保证了第五镇的战斗力，又确保第五镇的军纪可以受到有效监督。
于世忠旅在陆丰保卫战期间表现出了超强的战斗力，虽然于世忠的练兵方法学的是戚家军，和周士相的步军操典有所不同，但只要能出战斗力，周士相并不介意于世忠的练兵方法，他倒是很欣慰戚家军能在太平军中得到延续。
光有一个于世忠还足以稳定第五镇，周士相又命宋襄公立即从广州抽调安军使补入第五镇，以确保第五镇的军纪。周士相给赵自强下了严令，禁止再在潮州掳掠。光有口头警告还不行，调入于世忠旅是一个手段，驻防海丰的第六镇也是悬在赵自强头上的利刃，若他不遵军令，内有于世忠旅，外有第六镇，足够让赵自强掂量份量了。
第二镇暂时还没有返回广州，解决潮州的事情后，周士相必须解决惠州的事情，他意将胡启立部整编为第七镇。