冷血的鲨鱼怪在民航机上，把年老的乘客们一矢贯穿杀害，空我战斗时被它鱼枪状武器刺伤，两小时内不能变身，其后鲨鱼怪竟高调地在互联网上发出杀人预告…那边厢奈奈在试镜中途，突然跑回咖啡店，并询问老板有否想过要杀人！
未确认生命体45号水牛怪，开始其杀戮游戏，它堵塞池袋火车站地下街的所有出入口，再慢慢宰杀被困的市民。雄介到场变身，空我跟其搏斗，但水牛怪的战力实在太强横，幸空我遇强愈强，他的坐骑亦发辉金色力量杀敌！
夏目实加从长野来到东京，参加横笛吹奏比赛，一条到会场替她打气。可是，会场内另有一名男子鬼鬼祟祟，似正要图谋不轨……雄介再次感到「0号」的气息，变身绿色空我搜索它，「0号」的杀气之强竟隔空令空我颓然倒下！
为了找出0号的所在，科警研的榎田发明了一种追踪弹，击中怪人便可追踪到它们的巢穴。而雄介亦继续努力，寻找令自己变得更强的方法……46号袭击多摩市的西多摩警署，它的目标是男性警员，面对它的压倒性力量，一众警员纷纷遇害……终于，空我赶来，并对着46号发出了攻击……
雄介变身空我迎战46号，可是连所向披靡的空我金色力量，也不能伤它分毫，而更惊人的是兜虫怪，竟也可用金色力量加强实力，兜虫怪本已强劲，在强化后的它更非空我所能匹敌，随意一击便令空我重伤倒下……而在一条的攻击下丧失了尸数盘的47号，与46号开始交战……
47号与46号展开战斗，最终逃离，却被警察追上，警察向47号发射了神经断裂弹……重伤的雄介在关东医大病院接受治疗，椿替他再次进行电震疗法。雄介醒来后觉得全身充满力量，于是，马上赶去世田谷区的中央运动场，在这里一条正以神经断裂弹跟兜虫怪战斗，全黑的金色力量空我昂然出战，空我的杀敌战力再越巅峰！而光的儿子也在jean及jean的劝导下，重新接受了妈妈。
0号开始进行大屠杀，在短暂的时间内已有超过三万人遇害，纵使空我出手阻止，在绝无还手之力下，被0号一击打至腰带破裂，在极重创伤下昏迷。若0号尚存，人们又怎能再有笑容，雄介要成为可怕的黑色终极战士！下定了决心的他，向自己认识的人一个一个地告别。而一条也发现了b1号的踪迹，结果到底会怎样？
神崎老师、榎田小姐、桩先生、奈奈、老板、稔、托儿所的小朋友，为了向大家道别，雄介走遍各处地方，最后他到城南大学与樱子说再见，许下承诺后，雄介心如止水的踏上与0号终极决战之路……另一方面，一条也即将面临与b1号的了断。
最终的0号也被五代所消灭，人们再次面带笑容的生活，认识五代的人也因五代而改变，原本气氛紧张的警视厅在开会上也会开玩笑，他们的生活也因五代渐渐改变了，大家一起望上天空。在同一个天空下，一个男人在外地的沙滩边漫步，那男人看见一班的小孩沉闷的坐著，便拿起背包走向哪班小孩，忽然有一个球被投上天上，原来是那男子表演抛球杂技，再看清楚…原来是五代雄介。他把球送给那班小孩，小孩们再次面带笑容，五代跟小孩道别后再次踏上他的冒险旅途……
白洛辰直接对着飞飞说道：“回归！”
“叮！好的！主人！”
随后便回到了《斗破苍穹》的世界！
“叮！恭喜主人完成路过任务：请主人路过《假面骑士空我》世界，奖励：假面骑士空我所有形态表盘、亚古鲁、升华亚古鲁、究极亚古鲁、青龙棍、天马弩、泰坦剑、升华泰坦剑、升华天马弩、升华青龙棍、无人西瓜铠甲、试验追迹者2000、试验追迹者2000a、跃动追迹者2000、跃动追迹者3000、装甲机哥莱姆、试验哥莱姆、跃动哥莱姆、升华跃动哥莱姆、哥莱姆〈铁骑〉、新跃动哥莱姆和女仆泽渡樱子、五代稔、朝比奈奈奈、夏目实加、笹山望见、元城恵子、须山可奈子、拉·芭璐芭·蝶！”
“叮！奖励已发放！”
“叮！恭喜主人假面骑士万古逢魔时王的力量再次得到加强！”
“叮！恭喜主人获得特殊奖励：系统版一阶时空驱动器！”
随后白洛辰看了看介绍